Sekce, kluby, pobočky
Česko-japonská společnost má kromě svého centra v Praze také několik regionálních poboček - nejaktivnější jsou pobočky v západních Čechách, v Plzni a Chebu.
V rámci ČJS pracuje několik odborných sekcí a klubů s vyhraněným zaměřením. Členové ČJS se mohou zapojit do činnosti kterékoli sekce.